Il piano vaccinale della capra è il pilastro della prevenzione nell'allevamento caprino. Le clostridiosi (enterotossiemia in particolare, specialmente nei capretti al cambio di alimentazione) sono la causa più comune di morte improvvisa prevenibile. L'aborto enzootico da Chlamydia può devastare la stagione riproduttiva. Per la CAE non esiste vaccino: l'unica prevenzione è il test e la separazione dei capi positivi.